Criada em 29 de maio de 1994. Possui 4 comunidades: Matriz São Francisco de Assis e as Capelas: Santa Clara (Cohab-Fidelis), Nossa Senhora de Fátima e Santa Paulina (Nova Esperança)
Histórico: Em 1953 surgiu a ideia de construir uma capela. Nos dois anos seguintes, foram realizadas festas para a compra de um terreno. Em 28.07.1958 Dom Gregório Warmeling deu autorização para a construção. no dia 10.08.1959, Frei Brás Reuter celebrou missa campal para o lançamento da pedra fundamental. No mês seguinte foi iniciada a construção. No dia 19 de agosto de 1960 realizou-se a sua inauguração, tendo como padroeira Nossa Senhora de Fátima. Mais tarde, por iniciativa de Frei Brás, a capela foi dedicada a São Francisco de Assis, cuja imagem foi trazida da Alemanha.

Com o crescimento do bairro, sentiu-se a necessidade de uma nova capela e a pedra fundamental foi abençoada no dia 14.02.1971. Com a formação da nova Paróquia Nossa Senhora Aparecida em 1975, a Capela São Francisco de Assis passou a pertencer a esta paróquia até 29 de maio de 1994.

Pe. Felicio Girelli apresentou à Cúria Diocesana de Joinville um requerimento solicitando a criação de uma nova paróquia no bairro Fortaleza, Blumenau, a ser desmembrada integralmente da Paróquia Nossa Senhora Aparecida. Os motivos eram: 1) a dimensão da Paróquia Nossa Senhora Aparecida dificultava o atendimento da comunidade; 2) o bairro Fortaleza, com uma população aproximada de 15.000 católicos tinha condições suficientes para ser excelente Paróquia, merecendo assistência religiosa permanente; 3) na comunidade as Irmãs Catequistas Franciscanas haviam trabalhado vários anos com dedicação e zelo pastoral; 4) já existia uma igreja em boas condições para ser Matriz, casa paroquial e dependências necessárias para o desenvolvimento sempre maior da pastoral; 5) a comunidade já tinha condições de garantir o sustento do futuro titular.

Diante do exposto, tendo em vista o bem espiritual da futura paróquia, levando em consideração o parecer dos sacerdotes da Comarca de Blumenau e o voto favorável da população, Dom Gregório Warmeling criou a Paróquia aos 29 de maio de 1994, desmembrando-a da Paróquia Nossa Senhora Aparecida, Itoupava Norte. Ficava, assim, a capela São Francisco de Assis constituída em Igreja Matriz da nova Paróquia.

Para conhecimento e orientação de todos, ficavam pertencendo à nova Paróquia todos os moradores compreendidos dentre os limites: Ao Norte, a Paróquia São Francisco de Assis limita-se com a Paróquia Nossa Senhora Aparecida, seguindo o Ribeirão Fortaleza até a Rua Gustavo Lueders, próxima à Indústria Coca-Cola, continuando pelo Ribeirão Fortaleza até a Rua Francisco Waldrieck, até a altura do entroncamento da Via Rápida; na continuidade, até a Rua 25 de agosto, terminando na residência 1.411. Ao Leste , limita-se com o bairro Boa Esperança (Morro do Abacaxi), Paróquia São Paulo Apóstolo e com a Paróquia São Pedro Apóstolo – Município de Gaspar – tendo como limites a Rua Júlio Michels e a residência 1.300. Ao Oeste limita-se com a Paróquia Nossa Senhora Aparecida, seguindo o Ribeirão Itoupava até a Rua Guilherme Scharff e daí até a Rua Professor Hermann Lange.

Com solicitude, Dom Gregório ainda solicitava que fosse bem recebido o primeiro pároco Pe. Alcides Brancher, hipotecando-lhe inteira solidariedade nas iniciativas espirituais e materiais, tendo em vista uma Igreja toda ela ministerial, pois a paróquia deveria ser sempre um centro de interesse de todos os fiéis, Cristo e sua Igreja, numa afirmação positiva de um cristianismo adulto [(Decreto de Criação da Paróquia São Francisco de Assis (Fortaleza) Blumenau)].

Párocos: Pe. Alcides Brancher (29.05.1994-08.02.1998); Pe. Wilson Moraes (08.02.1998-26.01.2001); Pe. Antônio Leite Barbosa Júnior (02.09.2001…..).

(Bohn, Antônio Francisco – Diocese de Blumenau, Paróquias e Comunidades – Gráfica e Editora 3 de maio, Blumenau, 2002 – pág. 265)