No ano de 1854, chegaram a Blumenau os primeiros alemães católicos. Oito deles eram austríacos. No ano de 1864, foi construída a primeira capela. Pe. Alberto Francisco Gattone, primeiro pároco de Gaspar, orientou e incentivou a construção. Esse sacerdote atendia também Blumenau. No dia 25 de janeiro de 1865, foi celebrada a primeira missa. Realizou-se nessa data também a primeira festa em honra do padroeiro São Paulo Apóstolo.

Em setembro de 1868, foi abençoada a pedra fundamental da Igreja Matriz. De 1869 a 1871, a capela é atendida pelo Pe. Guilherme Antonio Roemer. Quando de passagem, Pe. João Maria Cybeo, missionário jesuíta, atendia a população católica. Pe. Carlos Boegershausen, pároco da Colônia Dona Francisca, em Joinville, muitas vezes vinha a Blumenau ajudar no atendimento pastoral.

Pela Lei Provincial 694, de 31 de julho de 1873, foi criada a Freguesia de São Paulo Apóstolo.
Em 1876, chegou a Blumenau o Pe. José Maria Jacobs, que, pouco depois, assumiu o cargo de primeiro pároco.

No dia 24 de dezembro de 1876, foi dada a bênção da Matriz, projetada pelo arquiteto Henrique Krohberger. Em 1878, o Bispo do Rio de Janeiro erige a Paróquia São Paulo Apóstolo.

Em março de 1892, chegaram em Blumenau os primeiros franciscanos: Frei Lucínio Korte e Frei Zeno Walbroehl. Coube-lhes dar continuidade aos trabalhos iniciados na paróquia e no Colégio São Paulo. No dia 02 de dezembro de 1923, foi feita a bênção da pedra fundamental para o aumento da Matriz e, no dia 15 de agosto de 1926, o bispo de Florianópolis, Dom Joaquim Domingues de Oliveira celebrou solene consagração do novo templo. Na Páscoa de 1927, foi inaugurado o órgão de tubos e, em 1928, foram abençoados os três novos sinos, dedicados a Jesus Cristo, Maria Santíssima e São José. Dez anos depois, com grande sucesso, foram realizadas missões populares.

No dia 24 de maio de 1953, foi celebrado o lançamento da pedra fundamental da nova Matriz (atual Catedral). O arquiteto Gottfried Boehm fez o projeto. Três anos depois, foi dada a licença para a bênção de parte da nova construção e demolição da antiga igreja. No dia 25 de janeiro de 1958, realizou-se a cerimônia da consagração da nova e suntuosa Igreja Matriz. Nessa ocasião, o bispo Dom Gregório Warmeling celebrou sua primeira missa pontifical. Pe. Frei Brás Reuter, verdadeira alma da grande construção, dirigiu inesquecível mensagem. No dia 01 de junho de 1963, foi inaugurada torre e foram concluídas as obras.

No dia 19 de abril do ano jubilar 2000, com a criação da Diocese de Blumenau, a Matriz São Paulo Apóstolo foi elevada a Catedral pela constituição Apostólica “Venerabiles Fratres”, do Papa João Paulo II. E no dia 24 de junho do mesmo ano, foi celebrada a solene missa da instalação da nova Diocese e início de ministério pastoral de seu primeiro Bispo, dom Angélico Sândalo Bernardino.