No ano de 1953, algumas pessoas da região da Fortaleza, norte da cidade de Blumenau, reunidas para a oração do terço em família, comentaram que sentiam necessidade de uma capela no bairro. Dirigiram-se ao pároco da Matriz São Paulo Apóstolo. O pároco, Pe. Frei Brás Reuter acolheu o desejo daqueles católicos e, assim, teve início a celebração de missas nas casas das famílias.

No dia 12 de fevereiro de 1954, realizou-se a primeira festa popular, em frente à casa do Sr. Armando Deschamps. O objetivo do evento consistia em angariar fundos para a compra de um terreno adequado para a futura igreja. O terço rezado nas casas, especialmente as novenas de Nossa Senhora de Fátima, eram ocasiões de recolher donativos em dinheiro e em materiais para a sonhada construção.

Em 1955, foi promovida a segunda festa popular, igualmente em prol da construção da capela. O resultado desta festa e o da anterior possibilitou a compra do terreno.

No ano de 1958, o bispo Dom Gregório Warmeling visitou a Fortaleza e deu autorização para iniciar a edificação da igreja. E no dia 25 de janeiro de 1959, realizou-se grande festa popular para ober recursos. A missa campal, presidida pelo Pe. Frei Brás Reuter, marcou também a solene bênção da pedra fundamental. Em setembro de 1959, a construção foi começada.

No dia 08 de novembro de 1959, pela primeira vez, a comunidade da Fortaleza celebrou a Primeira Eucaristia das suas crianças. Eram em número de cinqüenta e duas e foram preparadas pelas Irmãs Catequistas Franciscanas, que residiam na Paróquia São Paulo Apóstolo.

No dia 19 de agosto de 1960, a nova capela foi inaugurada, tendo como Padroeira Nossa Senhora de Fátima. Mais tarde, o próprio pároco, Frei Brás, tomou a iniciativa de substituir a padroeira. São Francisco de Assis tornou-se o novo padroeiro. A bonita imagem foi trazida da Alemanha e doada à comunidade.

Dez anos se passaram e o bairro Fortaleza atraía muitos moradores. A capela ficou pequena e começou-se a pensar numa igreja mais espaçosa. No dia 14 de fevereiro de 1971, em concorrida missa campal, a nova pedra fundamental foi abençoada.

No dia 13 de julho de 1975, foi criada e instalada a Paróquia de Nossa Senhora Aparecida, na Itoupava Norte, e Pe. Lino Mees tomou posse como primeiro pároco. A comunidade São Francisco de Assis passou a integrar a nova paróquia.

No dia 29 de maio de 1994, o bispo Dom Gregório Warmeling criou e instalou a Paróquia São Francisco de Assis, no bairro Fortaleza. A suntuosa capela da Fortaleza foi elevada à dignidade de Matriz. Foi a última paróquia que o saudoso Pastor Dom Gregório instituiu. Pe. Alcides Brancher tornou-se o primeiro pároco, mantendo-se no cargo até 08 de fevereiro de 1998. Pe. Wilson Moraes substituiu-o, até 02 de setembro de 2001.

Pe. Antonio Leite Barbosa Júnior assumiu como terceiro pároco da Fortaleza, exercendo o cargo até 08 de dezembro de 2002 e sendo substituído pelo Pe. José Carlos de Lima.

As comunidades pertencentes à Paróquia São Francisco são as seguintes: São Luiz Gonzaga (Tribess) que, no ano 2004, foi elevada a Área Pastoral; Santa Clara, na Cohab (Fidelis); Senhor Bom Jesus que, em fevereiro de 2005, passou  pertencer à então Área Pastoral São Luiz Gonzaga e Nossa Senhora de Fátima, no Loteamento Dona Luíza.