À semelhança de outras paróquias, também esta tem seu nome ligado aos marítimos. Há mais de cem anos atrás, devotos marítimos construíram uma capela no lado esquerdo da foz do Rio Itajaí. Era um lugar privilegiado, pois do outro lado do Rio, existia o importante porto fluvial da cidade de Itajaí.

Ao redor da igrejinha, desenvolveu-se uma freguesia que, mais tarde, tornou-se o município de Navegantes, fundado no dia 26 de agosto de 1962. Neste mesmo dia, foi instalada também a Paróquia Nossa Senhora dos Navegantes. Pe.Gilberto Luiz Gonzaga foi empossado como primeiro pároco.

A cada ano, desde os inícios, o dia 02 de fevereiro é reservado para a festa da Padroeira. É o dia da comemoração litúrgica de Nossa Senhora dos Navegantes. Os párocos posteriores viam crescer, ano a ano, a participação de devotos na festa. Muitos peregrinos vinham agradecer graças recebidas. Muitos testemunhos eram contados pelos marítimos, assegurando a proteção da Mãe de Jesus. Em momentos de perigo, invocavam com fé a Virgem Maria e salvavam-se do naufrágio.

Cem anos fazia que a primeira capelinha havia sido edificada. A permanente veneração e invocação de Maria faziam aumentar a fé e o amor dos moradores do local e dos peregrinos. Acalentava-se o sonho de que o Arcebispo de Florianópolis, em cuja arquidiocese integrava-se Navegantes, elevasse aquela igreja-matriz a santuário. Coube ao pároco Pe. Alvino Broering encaminhar, em nome da comunidade, o pedido oficial. No dia 18 de agosto de 1996, o santuário foi instalado.

Pe. Idonizete Küger foi enviado para aquela paróquia/santuário. Uma de suas incumbências era criar, no ambiente externo daquele templo, característica de santuário mariano. Decidiu-se edificar a casa paroquial em forma de barco. No convés, foi feito o Santuário de Devoção Mariana. No dia 04 de fevereiro de 1998, o povo todo era convidado para a inauguração e a bênção do importante local de oração.

O pároco Pe. Valdir Staheling elaborou bonito Hino de Nossa Senhora dos Navegantes, cuja melodia foi composta pelo Pe. Ney Brasil Pereira, da Arquidiocese. Este hino faz vibrar o sentimento da devoção Mariana na alma do nosso povo. Apresentamos, a seguir, a letra desta verdadeira oração: 1 – Virgem Mãe dos navegantes, – O teu povo reunido – Vem louvar-te neste instante – E fazer os seus pedidos. REFRÃO: AVE, AVE, ESTRELA DO MAR! AVE, AVE, MÃE SEM PAR! 2 – Em Cana por teu pedido, – Jesus muda a água em vinho. – Hoje, o povo teu, sofrido – Pede ajuda em seu caminho. 3 – Como teu Jesus, outrora, – Vento e mar com voz calmou, – Aos que ao mar vagam agora, – Pede, ó Mãe, o seu favor. 4 –Dá amparo aos navegantes – Na procela e na bonança, – Reconduz o nauta errante – Ao bom porto da esperança! 5 – Do alto mar nas tempestades – E nos turbilhões da vida, – Sê farol a rebrilhar – Ó Mãe santa, Mãe querida! 6 – Quando a morte, enfim, chegar, – Tu serás a nossa luz – Para o céu nos vais levar, – Junto a Ti, junto a Jesus.